Отделение хирургии детского возраста №1: Научный руководитель — д.м.н. профессор Дюсенбаев Азат Ануарбекович. Отделением заведует кандидат медицинских наук, врач высшей категории Аубакиров Марат Токанович. Отделение оказывает круглосуточную помощь детям до 15-летнего возраста. В плановом порядке оперируются все виды врожденных пороков желудочно-кишечного тракта, легких, мочевыводящих путей. Приоритетным направлением научных разработок является диагностика, методы лечения тяжелых форм перитонитов.

Отделение хирургии детского возраста №2: Научный руководитель — д.м.н. профессор Дюсенбаев Азат Ануарбекович. Отделением заведует врач первой категории Иманшартов Талгат Аскарович. Отделение оказывает круглосуточную помощь детям до 15-летнего возраста при травмах всех локализаций. Приоритетным направлением научных разработок является диагностика, методы лечения черепно-мозговых травм.